Δέκα χρόνια μετά την πρώτη κινηματογραφική μεταφορά της αξέχαστης τηλεοπτικής σειράς έρχεται το πολυαναμενόμενο sequel. Ο Ντέιβιντ Ντουκόβνι και η Γκίλιαν Άντερσον επιστρέφουν ως Πράκτορες Μόλντερ και Σκάλι, υπό τις σκηνοθετικές οδηγίες του δημιουργού της σειράς, Κρις Κάρτερ.
Σύμφωνα με την παράδοση των X-Files, η ιστορία της ταινίας παραμένει επτασφράγιστο μυστικό, γνωστό μόνο στους παραγωγούς, στους πρωταγωνιστές και στους βασικούς δημιουργούς της ταινίας.
Το μόνο που μπορεί να αποκαλυφθεί είναι πως το μεταφυσικό θρίλερ αποτελεί μια ξεχωριστή ιστορία, στο ύφος μερικών από τα πιο αγαπημένα επεισόδια της σειράς, και οδηγεί την πολύπλοκη σχέση του Φοξ Μόλντερ με την Ντέινα Σκάλι σε απρόσμενες κατευθύνσεις. Ο Μόλντερ συνεχίζει την ακλόνητη έρευνά του για την αλήθεια, ενώ η Σκάλι, η παθιασμένη και εξαιρετικά ευφυής γιατρός, παραμένει αξεδιάλυτα συνδεδεμένη με την αναζήτηση του Μόλντερ.